1. 工學部
　　東京大學龐大的學部，含有23個系109個講座，幾乎覆蓋了所有的工程學科，包括土木、機械、電子、船舶、航空、原子能、資源、金屬、材料、應(yīng)用化學、應(yīng)用物理、計算等領(lǐng)域的眾多學科，還設(shè)有一個工程基礎(chǔ)系，一個原子能工程研究和綜合試驗場。
　　2.經(jīng)濟學部
　　僅含經(jīng)濟學、經(jīng)營學兩系，附屬有日本產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟研究室。
　　3.理學部
　　設(shè)數(shù)學、信息科學、物理、天文、地球物理、化學、生物化學、生物科學、地學9系，附屬部門有臨海實驗場、植物園、基本粒子物理國際中心、光譜化學研究中心、地殼化學研究室、天文學教學研究中心等。
　　4.法學部
　　為東京大學歷史老，也是聲望很高的學部，為東京大學支下的部門機構(gòu)，為東京大學所管轄。日本歷很多政界要人均出自該學部。設(shè)有民主、公法、政治學3系，附屬部門有外國法文獻中心，近代日本法政史資料中心。
　　5.文學部
　　設(shè)文學、史學、語言學、行動學4系，附設(shè)文化交流、北海文化研究兩實習實驗部門。該學部亦出過眾多名揚日本的文學家、詩人、俳名作家、藝人等明星。
　　6.教育學部
　　設(shè)教育學、教育心理學、學校教育、教育行政、體育和健康教育5系，附屬學校有中學、高中各一所。
　　7.醫(yī)學部
　　有醫(yī)學、健康護理學兩系，附設(shè)腦研究實驗室、醫(yī)學電子實驗室、聲音語言醫(yī)學實驗室、實驗動物飼養(yǎng)室，兩所附屬醫(yī)院，附屬學校有養(yǎng)護學校、接生護士學校。該學部以外科，特別是腦外科在世界上十分有名。
　　8.經(jīng)濟學部
　　僅含經(jīng)濟學、經(jīng)營學兩系，附屬有日本產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟研究室。
　　9.教養(yǎng)學部
　　負責全校低年級學生的公共基礎(chǔ)課，下分綜合文化、地區(qū)文化、社會科學有關(guān)學科、系統(tǒng)自然科學、自然科學有關(guān)學科5系，并設(shè)有美國研究資料中心，語言文化中心、數(shù)理科學研究室等。
　　10.農(nóng)學部
　　開設(shè)農(nóng)業(yè)生物學、農(nóng)業(yè)化學、林業(yè)學、水產(chǎn)學、農(nóng)業(yè)經(jīng)濟學、農(nóng)業(yè)工程、獸醫(yī)學、林產(chǎn)學8系，附設(shè)有農(nóng)場，實習林場、牧場、獸醫(yī)院、水產(chǎn)實驗場、綠地植物實驗場等實習實驗設(shè)施。